Das gotische Münster (um 1270–1500)

Nachdem das spätromanische Münster gegen 1230 fertiggestellt war, dauerte es  30 bis 40 Jahre, bis erneut gebaut wurde: Das spätromanische Hauptportal, dessen Aussehen nicht überliefert ist, wurde ersetzt durch eine prächtige gotische Portalanlage mit Statuenzyklus in einer Vorhalle, die hinter der Westfassade, d.h. zwischen den Westtürmen, eingebaut wurde (siehe Kapitel „Rundgang › Westfassade › Hauptportal“). Darüber folgte das grosse, spitzbogige Westfenster, das bis heute das flächige Mauerwerk der Westfassade durchbricht. Ob diese Baumassnahmen Folge eines aktenkundigen Brandes von 1258 bzw. des Regierungsantritts König Rudolfs von Habsburg von 1273 war, kann vermutet, aber bisher nicht vollständig belegt werden.  Bischöfe in dieser Zeit waren Heinrich von Neuenburg (1263–1274), der auch eine erste, in gotischen Formen errichtete Grabkapelle an das spätromanische nördliche Seitenschiff anbauen liess, sowie Heinrich von Isny (1275–1286), Beichtvater und Gesandter von Rudolf von Habsburg. In den folgenden Jahrzehnten wurden weitere Kapellen an die bis dahin dreischiffige Basilika angefügt, aus welchen mit der Öffnung im Innern (bis um 1340) die Fünfschiffigkeit des Münsters resultierte.

Am 18. Oktober 1356 suchte ein Erdbeben Basel heim und richtete am Münster zahlreiche Schäden wie die Gewölbe- und Turmeinbrüche an. Bischof Johann Senn von Münsingen und das Domkapitel verpflichteten Baumeister Johannes Parler von Gmünd für den Wiederaufbau der Bischofskirche. Schon 1363 war das Kryptagewölbe eingezogen und der Chor vollendet, so dass der Chorbereich neu geweiht und seiner liturgischen Funktion übergeben werden konnte.

Die nächsten gotischen Bauetappen waren: Einbau des Lettners, des Chorgestühls für das Domkapitel und des Bischofsthrons um 1381, Schliessung der Quer- und Langhausgewölbe ab 1400, Aufgabe der Portalvorhalle und Vorversetzung des Westportals um 1410/20, Aufführung der oberen Geschosse des Georgsturms bis 1428/29, Neubau des Doppelkreuzgangs 1429–1487, Ausbau des Martinsturms bis zum 23. Juli 1500. Das Münster besass nun nur noch zwei Türme statt der ehemals fünf.