Die Chorpartie zeigt deutlich zwei Bauphasen: Während der untere, spätromanische Teil Ende des 12. Jahrhunderts entstanden ist, wurde der obere Teil im gotischen Stil wieder aufgebaut nach dem Erdbeben von 1356 (Johannes von Gmünd aus der Parlerfamilie).
Die Säulenkapitelle (um 1180) zeigen Szenen aus der biblischen Geschichte, sowie aus der germanischen und antiken Sagenwelt. Von Norden nach Süden: 1. Sündenfall und Alexander im Greifengespann, 2. Dietrich von Bern und Sintram, 3. Pyramus und Thisbe, 4. Abraham opfert Isaak, die Verlorenen werden vom Wotanvogel verschlungen und Seelige in Abrahams Schoss.
Als weitere Kostbarkeit findet sich im Chor das Grabmal der Königin Gertrud Anna, der Gemahlin von Rudolf von Habsburg (gestorben 1281 in Wien, auf ihren letzten Wunsch in feierlichem Zug nach Basel überführt). Der Sarkophag zeigt die Königin zusammen mit ihrem Kind Karl (1276 in Basel gestorben). Die Gebeine wurden 1770 ins Kloster St. Blasien gebracht. Nach dessen Säkularisation nahmen die Mönche die Gebeine mit nach Kärnten ins Lavantal.

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