Die Münsterbauhütte wird vom Münsterbaumeister (Andreas Hindemann) geleitet. Er ist der Hauptverantwortliche des Bauhüttenbetriebs und vertritt diesen auch in der Öffentlichkeit. Die Mitarbeiter sind sowohl in der Bauhütte als auch am Münster im Einsatz. Im Jahr 2000 setzt sich das Team aus einem Steinmetzpolier (Marcial Lopez), einem Steinmetzvorarbeiter, einem Steinmetzen, einem Steinmetzrestaurator und einem Lehrling zusammen. Ausserdem werden als freie Mitarbeiter weitere Steinmetze und Steinbildhauer sowie Abgussspezialisten und ein Bauarbeiter eingesetzt. Anspruchsvolle Restaurierungsarbeiten führen spezialisierte Restauratoren unter Aufsicht der Münsterbauhütte aus. Das Archiv der Bauhütte wird von Teilzeitmitarbeitenden betreut.

Die Münsterbauhütte Basel befindet sich heute im St. Albantal 43, etwa 800m vom Münster entfernt.