Wie in vielen Städten Europas fand auch in Basel im 16. Jahrhundert eine Reformation der Kirche statt. Wirtschaftliche wie auch politische Faktoren haben das ihre dazu beigetragen. Die Bischöfe von Basel waren vor der Reformation hoch verschuldet und hatten Rechte als Sicherheiten und Pfänder, v.a. an die Stadt, abgetreten. Bischof Christoph von Utenheim (1502-27) war zwar bereits vor 1517 sehr reformfreudig, setzte sich aber gegen die evangelische Reformbewegung ein. Nachdem die Stadt Basel 1521 ihre verfassungsrechtlichen Bindungen an die bischöfliche Herrschaft gekündigt hatte und den Rat nun ohne Bestätigung des Bischofs wählte, begann für sie der Weg in Richtung Reformation.

Seit 1525 kam es in Basel in zum Teil denselben Kirchen zu einem Nebeneinander von reformatorischem Gottesdienst, welcher von einem Teil des Rates unterstützt wurde, und traditioneller Messfeier. Es folgte auch der Ruf nach Erneuerungen in ökonomischen und politischen Bereichen. Die Handwerker, in Zünften vereint, wurden nun vermehrt in die Stadtregierung einbezogen. Ebenso forderten die Bauern bessere Lebensbedingungen. Der sich zu Luther bekennende Johannes Oekolampad, seit 1525 Pfarrer an der Kirche von St. Martin, veröffentlichte ein Konzept, an dem sich die Neuordnung der Basler Kirche orientierte. Der Bischof gab seine Residenz in Basel noch vor 1529 auf und zog sich nach Pruntrut zurück, während das Domkapitel in Freiburg i. Br. sein Exil fand, bevor es 1679 nach Arlesheim, heutiger Kanton Baselland, übersiedelte.

1529 führte Basel die Reformation offiziell ein, nachdem Zunftbeschwerden, Bilderstürme und Volksaufläufe die Entscheidung ausgelöst hatten. Der Rat erhielt eine neue Verfassung, und der katholische Kultus, an dessen Stelle das reformatorische Kirchenwesen im Sinne Zwinglis trat, wurde verboten.