Im Jahr 1424 teilte Papst Martin V. der Basler Regierung mit, dass ihre Stadt als Ort des nächsten Konzils gewählt worden sei. Das Konzil mit dem Hauptziel einer Kirchenreform dauerte von 1431 bis 1448, allerdings spaltete es sich 1438, und der einstige Konzilspräsident Cesarini verliess mit einer Minderheit Basel und zog, dem Gebot des Papstes Eugen IV. folgend, nach Ferrara und später nach Florenz. In Basel wurde ein Jahr später von den Konzilsvätern, die sich über den Papst hinwegsetzten, ein Gegenpapst, Felix V, gewählt, der sich jedoch nicht durchsetzen konnte. Nachdem der deutsche Kaiser Friedrich III., anders als sein Vorgänger Sigismund, auf die Seite Roms trat, veranlasste er die Auflösung des Basler Konzils im Jahr 1448. Eine für Basel besonders bedeutende Frucht des Konzils ist die im Jahre 1460 gegründete Universität, die als Nachfolge der Konzilsuniversität angesehen werden kann.