Im Gefolge der Reformation übernahm der städtische Rat 1529 das Münster als Hauptpfarrkirche und war nun für dessen Instandhaltung verantwortlich. Kleinere Restaurierungsarbeiten sind für das 16. und 18. Jahrhundert belegt.

Im 16. Jh. wurden zum Teil die Glasmalereien durch neue helle Gläser oder gestiftete Glasgemälde (z.B. mit dem Wappen der Universität, des Baslerstabs und Wappen der Münsterpfleger) ersetzt. Die ursprünglich farbigen Reiterstatuen an der Westfassade erhielten einen neuen Anstrich. Im Innern der Kirche wurde die Kanzel (1486) mit einem neuen Aufsatz ausgestattet und die Wände weiss angestrichen; die Pfeiler, Bogen, Gurten, Gesimse und Festergewände dagegen wurden rot bemalt. Eine heute noch erhaltene grosse Leistung dieser Zeit ist das Häuptergestühl, das die Kirche 1598 zum Abschluss der Restaurierungsarbeiten am Münster der Basler Obrigkeit, eben den Häuptern der Stadt, schenkte.

Im 18. Jahrhundert fanden vor allem Reinigungsarbeiten und Ausbesserungen sowohl am Äussern wie auch im Innern der Kirche, statt. Zwischen 1751 - 1771 wurden Restaurierungen unter dem Basler Architekten Johann Jakob Fechter durchgeführt. Während der Reinigung von 1785/87 wurden die Holbeinschen Orgelflügel aus dem Münster entfernt und in die 'Kunstsammlung auf der Mücke' gebracht. Das ganze Gebäude wurde aussen wiederholt einheitlich mit roter Farbe angestrichen und sämtliche Fenster erhielten eine neue Verglasung.