Der Münsterhügel war bereits in spätkeltischer Zeit (1. Jh.v.Chr.) besiedelt. Dies haben Grabungen gezeigt, welche einen Wall (Murus Gallicus) mit Toranlage und Spuren der dazugehörenden Siedlungen sowie ein Teil des Strassenverlaufes in der Linie der heutigen Rittergasse und Augustinergasse freilegten. Diese Strasse führte quer durch das heutige Münster.

Zwischen 20/40 v. Chr. und gegen Ende des 4. Jh. n.Chr. errichteten die Römer auf dem für sie zeitweise strategisch wichtigen Münsterhügel Kastelle als militärische Stützpunkte. Unter anderem weisen Funde unter dem heutigen Münster auf die verschiedenen Phasen der Besiedlung hin.

Nachdem die römischen Legionen die Stadt verlassen hatten, richteten sich im Laufe des Frühmittelalters die Bischöfe - aus dem Gebiet des spätrömischen Augst kommend - auf dem Münsterhügel ein. Zu welchem Zeitpunkt sich das Domkapitel dort niederliess und die erste Kirche gebaut wurde, ist nicht überliefert. Sicher ist jedoch, dass es spätestens im 8. Jh. vollzogen war. Mit Bischof Haito (spätestens 805 - 823), dem Abt von Reichenau, beginnt die Überlieferung der Baugeschichte des Basler Münsters: Schriftliche Quellen berichten, dass er eine Kirche von Grund auf neu bauen liess. Durch die Ergebnisse der archäologischen Ausgrabungen sind deren Grundzüge nachweisbar.