Das Münster des 16.–18. Jahrhunderts

In der Reformation, die 1529 in Basel erfolgte, zogen die Domherren des Münsters nach Freiburg im Breisgau. Der Stadtrat übernahm das Münster als Hauptpfarrkirche und war nun für dessen Instandhaltung verantwortlich. So gab es Ende des 16. Jahrhunderts eine grosse Aussenrestaurierung. Im 18. Jahrhundert sind Innen- und Aussenrestaurierungen unter den Ingenieuren Johann Tschudy und Johann Jakob Fechter belegt.

Ende des 16. Jahrhunderts wurden die restlichen mittelalterlichen Glasmalereien durch neue helle Gläser oder gestiftete Glasgemälde (z.B. mit dem Wappen der Universität, des Baslerstabs und Wappen der Münsterpfleger) ersetzt. Die ursprünglich farbigen Reiterstatuen an der Westfassade erhielten – wie die gesamte Aussenhülle – einen neuen, monochromen Anstrich. Im Innern der Kirche wurden ein neuer Abendmahlstisch vor dem Lettner platziert, die gotische Kanzel mit einem neuen Schalldeckel ausgestattet. Die Wände wurden weiss gestrichen; die Pfeiler, Bogen, Gurten, Gesimse und Fenstergewände rot bemalt. Zum Abschluss der Restaurierung wurde 1598 das sogenannte Häuptergestühl für die Repräsentanten der Stadt geschaffen und am Westende des Mittelschiffs aufgestellt. Das Werk zeigt reiche Schnitzereien im Renaissance-Stil und ist bis heute das grösste erhaltene Rats- und Beamtengestühl der Schweiz. Seit 1894 steht es im Historischen Museum Basel.

Im 18. Jahrhundert fanden vor allem Reinigungsarbeiten und Ausbesserungen statt. Während der Münster-Reinigung von 1785/87 wurden die Holbein’ schen Orgelflügel aus dem Münster entfernt und in die «Kunstsammlung auf der Mücke» gebracht. Heute befinden sie sich im Kunstmuseum Basel. Das ganze Gebäude wurde aussen wiederholt einheitlich mit roter Farbe gestrichen, und sämtliche Fenster erhielten eine neue Verglasung.